检验科是集医、教、研于一体的临床实验诊断科室，分别于1996、2000年成为临床检验诊断学硕士、傅士学位授予学科。经过多年的不懈努力，学科不断发展壮大，现已成为中国人民解放军检验医学专科中心、第三军医大学检验医学中心、第三军医大学基因诊断与治疗中心、产前分子诊断中心、国家人类基因组南方研究中心西南医院联合分子诊断中心、生物芯片北京国家工程研究中心西南医院联合分子诊断中心、卫生部临床检验中心临床基因扩增检验实验室、军事检验医学教研室。
由府伟灵教授牵头，搭建合理人才梯队，构建军事检验医学研究型团队。拥有与国外同步的先进检验仪器，设备总值4000余万元。科室下设临检室、生化室、免疫室、微生物室、PCR实验室、生物芯片室、微量元素室、产前分子诊断室等部门。已开展的检验项目不仅涵盖所有的常规检验，同时将化学发光技术、时间分辨荧光技术、DNA测序技术、生物芯片技术、流式细胞术等应用于临床检验工作，形成了以肿瘤分子诊断、遗传病产前基因诊断、感染病原微生物分子监控为特色的临床实验诊断新技术。
