西南医院肿瘤科始建于1953年，是西南地区最早成立的肿瘤专科之一，目前拥有Varian Edge、TomoHD等先进的放射治疗系统，尖端的质量控制和质量保证设备，多模态影像（CT、MRI、PET/CT等）融合技术，以及多种图像引导示踪系统，是开展肿瘤化疗、放疗、分子靶向治疗和免疫治疗的肿瘤专科治疗中心，为博士学位授权学科。科室为临床药物试验机构专业科室，每年开展多项国际多中心临床研究，作为国家级住院医师规范化培训单位，已成为全军及西南地区重要的肿瘤专科人才培训基地。科室在肿瘤耐药机制及逆转研究、肿瘤分子靶向治疗和肿瘤立体定向放疗临床与基础研究方面优势明显，获得国家自然科学基金30余项，省部级课题20余项，先后获得中华医学科技奖一等奖、重庆市科技进步一等奖、军队医疗成果奖等多项科技奖励。肿瘤科为全军肿瘤专业委员会主任委员单位及复旦中国医院专科声誉排行榜提名科室。